红塔区历史悠久，开发较早。先秦时属古滇国地。
 汉武帝元丰二年（公元前109年）置益州郡俞元县。
蜀汉时为建宁郡俞元县地，两晋时为晋宁郡俞元县地。
隋时置宁州总管府西爨地。唐贞观年间置求州。玄宗时，云南为南诏控制。肃宗上元元年（公元760年），南诏以澄江为河阳郡，郡下辖温富州。温富州的设置，使玉溪市红塔区在历史上开始成为州一级的行政单位。
宋代大理国时为河阳郡休制部，元代至元十三年公元（1276年）设新兴州，隶属澄江府，明清沿袭。
辛亥革命后，1912年（民国元年）国民政府撤销了府、州两级建制，由省直接管辖县，新兴州的建制被撤销，改为新兴县，管辖范围与原来的新兴州相同。
民国2年（公元1913年），因新兴县与广东肇庆的新兴县同名，又改名为玉溪县。
中华人民共和国成立后，于1950年1月1日成立玉溪县人民政府。随着经济、社会的发展，1983年9月9日玉溪县改为玉溪市（县级）。
1998年3月15日，原县级玉溪市随玉溪地区改为地级玉溪市而改为红塔区。

2013年，全区共组织申报国家、省、市科技计划项目42项，其中：国家级4项、省级27项、市级11项。已批准列项实施的国家科技计划项目4项、省级科技计划项目10项、市级科技计划项目11项，争取上级科技项目补助经费1460万元以上，各类科技计划项目的申报、列项和争取项目补助经费上均创了我区历史新高。年内，共申请专利434件，授权363件，比上年分别增加了34件和93件。

教育事业

2013年，红塔区境内有学校110所，其中：高等院校2所，中等专业学校3所，普通中学24所，中等职业学校2所（成人中等专业学校1所、职业高中学校1所），特殊教育学校1所，小学78所。在校学生99603人，比上年增0.3%。其中：小学在校学生37653人；普通中学在校学生29447人（初中19333人，高中10114人）；中等职业学校在校学生7165人；普通中专在校学生7239人；特殊教育学校在校学生384人；高等学校在校学生17715人。全区有专任教师5716人。

文化事业

2013年，红塔区实施文化惠民工程开展科技信息咨询服务和全国科普日活动，共发放《红塔科普》300份，宣传挂历250册，以及古籍普查资料850份，展出宣传展板16幅、7场次，为群众解答咨询100余人次。全年放映农村公益性数字电影1000场次以上，观众达24.45万人次，按计划、目标、场次圆满完成全区2乡9个街道办事处每月每个村委会（自然村）放映一场电影目标，放映覆盖率达100%。广播电视共有8件作品获各级各类奖项，其中2件获国家级奖，6件获省级奖。

交通

2005年全区公路通车里程达到1382.6千米，其中：国道46千米，省道55千米，县道143.1千米，乡村道路1112.5千米，专用道26千米。公路密度为138千米/百平方千米，市区及各乡镇道路全部实现了柏油（水泥）路面，全区442个自然村，已有440个通公路，两个通水路。
2013年末，全区公路通车里程达到1380.8公里。其中：国道91.1公里，省道22.2公里，县道162.7公里，乡村道路1104.8公里。公路网密度137.5公里/百平方公里。

地方土特产